Dùng kháng sinh cho trẻ nhỏ cần đặc biệt lưu ý bởi cơ thể trẻ còn non nớt, nhiều cơ quan đang trong quá trình hoàn thiện và phát triển, nhất là cơ quan gan và thận của trẻ còn yếu, khả năng lọc và đào thải kém nên thuốc bị đào thải chậm, tích tụ trong cơ thể lâu ngày có thể gây ra ngộ độc.
Một số loại kháng sinh khi sử dụng cho trẻ có thể gây ra các tác dụng phụ nặng nề nếu không được điều trị đúng. Bởi vậy, sử dụng kháng sinh cho trẻ cần có chỉ định của bác sỹ. Kháng sinh chỉ có tác dụng với các trường hợp nhiễm khuẩn. Đối với cảm cúm do siêu vi (còn gọi là virus) gây ra, kháng sinh không có tác dụng chữa trị. Đợt điều trị kháng sinh có thể ngắn ngày hoặc dài ngày tùy theo loại thuốc do bác sỹ chỉ định.
Cách đưa thuốc kháng sinh vào cơ thể trẻ nhỏ cũng cần lưu ý. Bác sỹ thường chỉ định dùng đường uống hoặc tiêm tĩnh mạch, không nên tiêm bắp vì sẽ làm trẻ đau và đặc biệt là dễ gây xơ cứng cơ có thể dẫn đến tàn tật.
Một số tác dụng phụ của kháng sinh như gây nôn mửa, tiêu chảy, đau bụng, thiếu vitamin vì kháng sinh có thể làm thay đổi cân bằng hệ vi khuẩn đường ruột. Trẻ cũng có thể dị ứng với kháng sinh dẫn đến phát ban, nổi mề đay, khó thở, nặng nhất là sốc phản vệ dẫn đến tử vong.
Các nhóm, thuốc kháng sinh có thể gây tác dụng phụ nặng nề cho trẻ:
Nhóm aminosid, nhóm sulfamid gây độc tính cho thận, gan làm vàng da; gây độc cho tai có thể dẫn đến điếc vĩnh viễn.
Nhóm negram, nitrofurantoin, rifamixin có thể gây vàng da, nhiễm độc gan.
Nhóm bactrim dễ gây vàng da và độc cho thận.
Nhóm chloramphenicol gây độc cho máu, gây “hội chứng xanh xám” cho trẻ sơ sinh nhất là trẻ đẻ non (biểu hiện: trẻ bị xanh tái dần rồi truỵ tim mạch và có thể dẫn tới tử vong). Cloramphenicol còn gây ngộ độc cho tuỷ xương, nếu dùng kéo dài có thể gây suy tuỷ.
Tetraxycin ảnh hưởng đến mầm răng đang phát triển làm cho răng vàng nâu vĩnh viễn nên tuyệt đối không sử dụng cho trẻ dưới 8 tuổi. Tetraxyclin còn làm căng thóp ở trẻ sơ sinh. Ngoài ra, kháng sinh Doxycycline, Minocycline… cũng gây ảnh hưởng xấu tới hàm răng của trẻ.