Dùng kháng sinh không có chỉ định của bác sĩ dẫn đến một số vi khuẩn còn sống sót tạo ra chất chống lại kháng sinh đó, gọi là hiện tượng kháng kháng sinh.
Kháng sinh vào cơ thể tiêu diệt vi khuẩn gây bệnh, đồng thời cũng tiêu diệt luôn các vi khuẩn có ích ở đường ruột mà các vi khuẩn này giúp cơ thể hấp thu một số vitamin B12, K, PP và thúc đẩy quá trình tiêu hóa ở ruột. Vậy dùng kháng sinh đã gây ra loạn khuẩn ruột, rối loạn tiêu hóa và bệnh thiếu sinh tố.
Một số vi khuẩn có nội độc tố, khi dùng kháng sinh vi khuẩn chết, độc tố vi khuẩn giải phóng vào máu làm cho bệnh nặng thêm và có thể tử vong. Dùng kháng sinh có thể gây ngộ độc cho một vài cơ quan như dùng kháng sinh nhóm aminosid có thể gây chóng mặt ù tai hoặc giảm thính lực, độc với thận. Cloroxit gây giảm bạch cầu, kháng sinh chống lao độc với gan, quinolone tổn thương gân xương.
Một biến chứng tồi tệ nhất là sốc phản vệ, cấp cứu không kịp thời dẫn đến tử vong.
Ngành nông nghiệp còn dùng kháng sinh trong chăn nuôi. Lượng kháng sinh tồn dư trong đất, trong nước, trong thực phẩm gây ảnh hưởng đến sức khỏe của người tiêu dùng.
Trải qua gần một thế kỷ, vị thế của kháng sinh đã được khẳng định, nhờ đó con người có thể chống lại các bệnh nhiễm khuẩn rất hiệu quả. Vì vậy, con người phải có trách nhiệm giữ gìn loại thuốc kỳ diệu đó bằng cách sử dụng thuốc kháng sinh hợp lý, đúng chỉ định. Ở những nơi có điều kiện nên làm kháng sinh đồ, người dùng kháng sinh phải tuân thủ tuyệt đối sự hướng dẫn của bác sĩ. Nếu không, con người đã vô tình đánh mất thứ “vũ khí” lợi hại để bảo vệ chính mình.